Dit tweede seizoen begint voor Tom, Anna en Liv met een vreselijke ontdekking: de tijdmachine, die voor zoveel narigheid zorgde, is verdwenen! Wie stal de tijdmachine? Om dit mysterie op te lossen, gaan onze vrienden terug naar Hotel 13. Tijdens hun onderzoek ontvangt Tom een boodschap uit de toekomst: in 2060 arresteert de politie een beruchte tijdmisdadiger. Die tijdmisdadiger is… Tom Kepler! Ondertussen gebeuren ook in het hier en nu rare dingen rond het hotel. In het zwembad vindt Liv een piraat uit de 17de eeuw. Mannen in zwarte maatpakken, met een geheimzinnige tattoo, zijn op zoek naar die piraat. Hebben zij de tijdmachine? En wat zijn ze ermee van plan?